Το Μουσείο Εθνικής Αντίστασης στεγάζεται στο κτήριο των παλαιών φυλακών Λάρισας (παλαιά πυριτιδαποθήκη), που βρίσκεται επί της οδού Ιουστινιανού και συγκεκριμένα στον αύλειο χώρο του σχολικού συγκροτήματος του 5ου Γυμνασίου – Λυκείου. Είναι κτίσμα του 18ου αιώνα και χαρακτηρισμένο ιστορικό – διατηρητέο μνημείο, σύμφωνα με απόφαση του Υπουργείου Πολιτισμού.